Investigación CRISPR

La tecnología CRISPR/Cas9 es una herramienta molecular utilizada para “editar” o “corregir” el genoma de cualquier célula. ... Las siglas CRISPR/Cas9 provienen de Clustered Regularly Interspaced Short Palindromic Repeats, en español “Repeticiones Palindrómicas Cortas Agrupadas y Regularmente interespaciadas.”
Sus utilidades van desde la detección de ADN tumoral hasta la del virus del Zika o el Dengue, pasando por la detección de bacterias patógenas y si estas son resistentes a antibióticos.
Uno de los aspectos más importantes de la plataforma SHERLOCK es que los reactivos necesarios para la detección se pueden congelar y descongelar y se pueden integrar en tiras de papel reactivo (igual que las tiras para detectar, por ejemplo, azúcar en orina). Esto es muy útil si pensamos en diagnóstico in situ en brotes epidémicos de Ébola, dengue o Zika, por ejemplo. Aunque aún no está claro, se cree que el coste de análisis de cada muestra está en torno a los 61 centavos de dólar (aunque esto no incluye el coste del detector de fluorescencia, claro).
Pero, como hemos dicho al inicio del post, el equipo de Zhang no es el único que ha utilizado el sistema CRISPR para crear una potente herramienta de diagnóstico. El laboratorio de Jennifer Doudna, ha llegado a conclusiones similares usando solamente la proteína Cas12a (antes se llamaba Cpf1). Al igual que en el caso de Zhang, ellos estaban estudiando otras proteasas. Cuando estaban probando a esta Cas12a, detectaron un comportamiento similar al que detectó el equipo de Zhang en Cas13a. Cas12a es una endonucleasa que corta ADN de doble cadena. Bien, pues cuando lo hace en la secuencia que el ARN guía le ha “indicado”, también se vuelve loca y empieza a cortar cualquier ADN de cadena sencilla que se encuentra en su camino.
La idea que se les ocurrió para aprovechar esta “locura” es la misma que al equipo de Zhang, mezcla con la muestra que queremos analizar moléculas que en este caso son de ADN de cadena sencilla, y que llevan pegados compuestos fluorescentes que solo emiten luz tras ser cortados por la proteína Cas12a. La base, la idea es exactamente igual en los dos casos. En esta ocasión, el nombre que le ha puesto el grupo de Doudna a la herramienta de detección es DETECTR (DNA Endonuclease Targeted CRISPR Trans Reporter). Las características de amplificación a 37ºC son similares también a las del caso de la Cas13a. La sensibilidad es también del mismo orden de magnitud.
Es decir, no es tanto que CRISPR produzca mutaciones no deseadas (que lo hace), como que desconocemos dichas mutaciones y sus posibles efectos. "Los algoritmos predictivos parecen hacer un buen trabajo cuando usamos CRISPR" casos muy controlados de laboratorio y "se han diseñado para fijarse en partes del genoma más propensos a ser cambiados", diceAlexander Bassuk de la Universidad de Iowa.

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